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制备和选用优良菌种是食用菌栽培取得丰产优质的先决条件。菌种质量的好坏，不仅关系到广大菇农的栽培效益，而且关系到菌种场技术水平高低和信誉的好坏。随着食用菌产业的不断壮大，菌种生产量日益增加，而由菌种质量问题造成的经济损失也在不断上升，这已成为今后食用菌发展不可忽视的问题。现对菌种受污染的原因进行具体分析，并提出相应的综合防治措施。
1.1菌种本身不纯无论是母种、原种和栽培种，都要使用纯种接种培养，如果用于繁殖扩大的菌种本身不纯，那么制备的新菌种也必然受到污染。污染常常表现在接种菌块之中或菌块周围，污染往往是小批量，如果及时不能及时发现，危害将进一步加大。
1.2工艺不合理，设备过于简陋菌种生产过程都要经过高温灭菌，使培养基达到无菌后再接种进行培养。在农村个体户生产菌种过程中，每个环节的设备是分散的，有的生活区和生产区混在一起，且灭菌、冷却、接种环境均难达到基本的无菌要求，造成灭菌培养基重新污染，用粗放的工艺和简陋的设备进行规模化生产，必然造成菌种的重大污染损失。
1.3培养基灭菌不彻底无论采用常压灭菌还是高压灭菌，如果同一批灭菌的培养基全部或大部份污染，且杂菌种类多，在培养基上各部位都出现杂菌，那么这种情况可能就是灭菌不彻底造成的。
1.4操作不慎制种过程中没有完全按照无菌操作的程序进行，杂菌不仅在接种块周围，还在其它地方无规律地出现。
1.5培养环境造成污染如果接种后污染率低，但随着时间推移，污染率逐渐提高，这就可能是由于培养环境不良造成的污染，如环境过于潮湿或污染严重污染培养室，也可能是棉塞潮湿、菌袋破裂、老鼠虫害等方面引起的。
2.1选育优良菌株和制作优质菌种优良菌种的选育是根据不同食用菌的遗传特性，有目的地采用自然分离筛、诱变育种、杂交选育或细胞融合等方法，然后在各种栽培实践中进行子实体产量和质量考察，选育出符合栽培目标的菌株。选好菌株后为保持菌种质量，减少转接代数，一般采用目标菌株进行大批量试管接种，妥善保存。每次使用时，从中取出少数几支试管，扩大移接，再依次生产二级和三级种。
2.2控制培养环境条件根据菌丝营养条件来调节培养环境是保证菌种质量和减少土污染的措施之一，如菌丝体生长发育初期，培养条件以促为主，温度控制在22-25℃，空气相对湿度在65%左右，有良好的通风条件并减弱光照。而在菌丝体长满培养基后保存阶段，就在降温至4℃左右，同时降低空气湿度和通气量。
2.3合理安排制种季节这是减少菌种污染的一条经济有效的手段，因为在潮湿的环境中，如遇高温杂菌的滋生蕞快，也是菌种受污染蕞严重的时期。我省一般7月进入雨季，这时的制种工作已经开始，为此可提前至6月份或延至8月中下旬再大量生产。
2.4加大接种量培养基灭菌后，如果菌丝不能及时长满培养基或封住菌种瓶（袋）口，随着时间延长，菌种受污染机会就增加。适当加大接种量，加快菌种生长速度，母种采用两点接种法，原种采用多点或用液体菌种法，栽培种采用两头接种法。
2.5严格操作规程、适当药物防治菌种生产要严格按照无菌操作规程来进行。菌种袋（瓶）及试管出锅后，要在基本无菌的冷却室内冷却，接种室（箱）要经过严格药物消毒和紫外线灯照射，人进入接种室要穿无菌工作服、工作鞋，带好口罩和工作帽，接种前双手要用75%酒精棉球擦拭。
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